学校现有2个一级学科国家重点学科、4个二级学科国家重点学科(国家重点学科覆盖的二级学科达9个)，26个省部级重点学科；9个国家级特色专业，30个江苏省品牌特色专业（含建设点），4个国防重点建设专业，4个国防特色紧缺专业。

南京理工大学“十一五”国家重点学科

一级学科国家重点学科

★兵器科学与技术（含武器系统与运用工程，兵器发射理论与技术，火炮、自动武器与弹药工程，军事化学与烟火技术4个二级学科）

★光学工程

二级学科国家重点学科

★材料学

★电磁场与微波技术

★应用化学

★模式识别与智能系统

南京理工大学“十一五”江苏省重点学科

光学工程 机械电子工程

纳米材料及相关技术 通信与信息系统

计算机应用技术 工程热物理

控制理论与控制工程