学校现有3个国家临床重点专科——骨外科学、神经外科学和普通外科学，3个国家中医药管理局重点学科——蒙医学、蒙药学、伤寒学，1个国家中医药管理局重点专科——蒙医脾胃病学；有病理学与病理生理学、眼科学、影像医学与核医学、外科学（普外、骨外）和民族医学（蒙医学）5个自治区重点学科，人体解剖与组织胚胎学、内科学（血液病）2个自治区重点培育学科；自治区临床医学领先学科7个，自治区临床医学重点学科7个。