学院作为贵州省中医药科研基地之一，共有省级重点学科6个，国家中医药管理局重点学科1个（中药生药学）和重点专科（专病）2个（呼吸内科、内分泌科）。有15个中医药研究所(室、中心)，以及国家级研究基地1个（国家药品临床研究基地）、省级工程中心1个（中药制剂工程研究中心）、省级重点实验室1个（中药生药学实验室），每年都承担了数十项高级别的科研课题。