南京大学积极探索信息化管理体制机制改革，优化信息化环境，整合信息化资源，建构与学校战略规划相融合的信息化决策机制与组织架构，努力以信息化推动创新发展。
健全决策咨询机制。成立由党政一把手为组长，人、财、物、教学、科研、学生等有关部门负责人组成的网络安全与信息化领导小组，领导和决策信息化建设中的重大事项。新成立信息化建设与管理办公室，全面负责学校信息化建设的总体规划、方案制定、预算核定、统筹协调和管理。重大的信息化项目提交学校党政联席会议集体讨论，使学校的领导者和决策者成为信息化战略规划的制定参与者和实施推动者。组建信息化建设专家组，为重大信息化项目的招标、论证提供咨询，负责信息化建设规划、方案及其阶段性成果进行评审和指导。
完善管理评价体系。建立健全信息化各项规章制度，设计信息化系统接口建议、数据字典等统一标准规范，制定网站群、校园卡、统一身份认证等信息化系统管理办法，落实网站与信息系统分级管理、统一备案、责任追查等运行机制，确立网络与信息系统安全保护、系统风险监测、级别评估等安全机制，探索信息化绩效评比、奖优惩劣等考评机制。主动公开信息化工作推进情况，组织咨询会、报告会、开放日等活动，邀请师生参与信息化规划、建设和评估，探索和优化信息化建设和管理长效机制。
提升运行支撑能力。以“用户服务”为核心，打造卓越IT技术与服务队伍，为信息化决策和管理提供强有力的技术支撑。秉持“以用户为本”的服务理念，建成全面覆盖鼓楼、仙林、浦口三个校区的校园网络，突破时间、地域的限制，实现现场服务全时段、无线网络全覆盖。建成“123”核心支持体系，即1个中心——UDC，2个平台——虚拟化平台、云存储平台，3个系统——统一身份认证系统、学生综合服务与管理系统、一卡通系统的核心支持体系。在此基础上进一步升级电子邮件、办公自动化、网站群等应用系统，极大改善了校园网用户体验，提高工作效率。
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