一、办学属性、收费标准不同：公办二本的经费来源于财政支持，民办二本则是由投资者自筹资金办学。从这个层面上说，公办二本带有公益性质，其收费标准较低，一般是3000-6000元/年之间;民办高校是投资行为，追求投资收益也是一个主要目的，收费普遍较贵，大部分的民办高校每年学费在1.2万-3万之间，最贵的能达到每年十几万元。
二、生源质量不同：公办、民办二本生源质量整体上有较大差别，公办二本的录取线整体高于民办二本。究其原因，并非民办高校办学水平低下，而是其高收费、及相对偏低的社会认可度造成了考生选择的意愿偏低。在二三本合并后，出现了部分民办高校分数线大幅提升的情况，一些优秀的独立学院，其录取线比不少公办二本还高。因此，本科批次合并，民办高校是最大的受益者。
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