随着各地独立学院的快速发展，独立学院已经成为“三本”中的绝对主力。发展多年的三本学校已经进入明显的分层期。有华中科技大学武昌分校、浙江大学宁波理工学院、厦门大学嘉庚学院这样录取线比二本学校都高的三本名校，也有硬件不足，软件欠缺，面临招生困难的学校。
现实操作中，很多人选择“独立学院”时非常看重后台母体高校，并根据母体学校的排名来选择，这是一个极大的误区。原因有三。
其一，尽管招聘会上某些单位在意学校比专业更普遍，但很多企业招聘时选“三本”学生并非看后台，而是更看重专业。一家猎头公司的负责人说，曾经有个企业，是做石油钻井设备的，他们有个专业，面比较窄，只有某独立学院开设，学生自然就业很好。所以，他认为，选择“三本”的话，找一些专业性强的专业可能更有优势，企业会越来越看重专业以及学校人才培养时与企业的对接度。
其二，独立学院有其独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，独立承担民事责任。其独立性体现在国家政策对独立学院的认可，也体现在独立学院自身的综合性发展轨迹之中。
近年来，独立学院开始转设为独立设置的民办普通高校。专家们认为，这样的转化可以让独立学院拥有更多的发展机遇。根据规定，新转设的民办高校都具有独立的校园，独立的教学管理组织，生均占地、生均行政用房、生均教学仪器设备、生均图书都达到了教育部规定的本科院校的设置条件。而且，转设后拥有更大的办学自主权，办学经费更加充裕，专业设置、学科建设、人才引进更加灵活高效。
其三，很多独立学院的母体学校有很深的行业背景，是行业办学的产物，光凭大学排名很难体现。在大学改名之风日盛的今天，它们中的不少高校被脱去了行业特色，转而披上了“理工”、“科技”、“工业”等有鲜明时代特色的外衣。以至很多家长和考生提起这些学校，误以为是一些地方学校合并、升格而成的高校。
别小看了这些听起来很地方，实际上很有行业背景的大学。这些原来依托部委办学的高校，都曾培养过一大批该领域的将才。即便近十年，这些院校有的一再被合并，有的改名，然而，多年累积的业内资源使它们在本领域光芒不减，有的还很有权威性和发言权，依然是业内老大。
三本学校定位于培养应用型本科人才，专业开设多以满足地方经济建设和发展的短线专业、热门专业为主。对于学生自身而言，选择三本学校，需要冷静、客观地分析一下我国经济社会发展的形势，选好学校与专业，以选专业为主，选学校为辅。
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