目前，清华大学有一级学科国家重点学科22个，二级学科国家重点学科15个，国家重点（培育）学科2个。在2004年结束的教育部为期三年的全国80个一级学科评估中，清华学科整体水平名列第一的学科数共13个，位列全国高校之首。在2008年开始的全国第二轮一级学科评估首批整体水平评估中，清华共有19个学科参评，其中8个学科排名第一，在全部参评高校中名列首位。

　　一级学科国家重点学科（22个）

　　数学

　　物理学

　　生物学

　　力学

　　机械工程

　　光学工程

　　材料科学与工程

　　动力工程及工程热物理

　　电气工程

　　电子科学与技术

　　信息与通信工程

　　控制科学与工程

　　计算机科学与技术

　　建筑学

　　土木工程

　　水利工程

　　化学工程与技术

　　核科学与技术

　　生物医学工程

　　管理科学与工程

　　工商管理

　　药学

　　二级学科国家重点学科（15个）

　　数量经济学

　　设计艺术学

　　专门史

　　分析化学

　　精密仪器及机械

　　环境工程

　　免疫学

　　病理学与病理生理学

　　内科学

　　皮肤病与性病学

　　影像医学与核医学

　　外科学

　　妇产科学

　　肿瘤学

　　麻醉学